Từ năm 2025, nhà nước tiếp tục siết chặt quản lý đối với hoạt động kinh doanh online trên các nền tảng thương mại điện tử. Chỉ một sai sót nhỏ trong việc kê khai thuế cũng có thể dẫn đến phạt hành chính, truy thu hàng chục triệu đồng kèm lãi chậm nộp, thậm chí truy cứu hình sự nếu vi phạm lớn. Bài viết dưới đây PixConsulting.vn sẽ giúp bạn nắm được rõ lỗi thường gặp phải khi kê khai thuế kinh doanh online cũng như cách hạn chế tối đa các rủi ro về thuế một cách hiệu quả nhất.
1. Một số điểm lưu ý quan trọng khi tự kê khai thuế kinh doanh online
Để tránh bị xử phạt, cá nhân kinh doanh cần nắm chắc các quy định sau (cập nhật đến tháng 11/2025):
- Ngưỡng doanh thu phải kê khai và nộp thuế: Doanh thu từ 100 triệu đồng/năm trở lên bắt buộc phải đăng ký thuế và nộp thuế GTGT + thuế TNCN (theo Thông tư 40/2021 và các văn bản bổ sung năm 2024–2025). Dưới 100 triệu đồng/năm được miễn thuế GTGT nhưng vẫn phải khai thuế TNCN nếu có thu nhập chịu thuế.
- Thời hạn kê khai và nộp thuế: Phương pháp kê khai trực tiếp: khai thuế GTGT, thuế TNCN hàng tháng (chậm nhất ngày 20 tháng sau) hoặc theo từng lần phát sinh (chậm nhất ngày 10 tính từ ngày phát sinh).
- Mức phạt nếu vi phạm:
- Chậm nộp tờ khai: phạt từ 2 – 25 triệu đồng tùy số ngày chậm.
- Chậm nộp tiền thuế: phạt 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp (tương đương 10,95%/năm).
- Kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp: phạt 20% số thuế thiếu.
- Trốn thuế có tổ chức hoặc số tiền từ 100 triệu đồng trở lên: có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự (phạt tiền đến 4,5 tỷ hoặc tù đến 7 năm).
- Các sàn TMĐT khấu trừ thay: Shopee, Lazada, TikTok Shop, Tiki… tự động khấu trừ và kê khai, nộp thuế thay. Cá nhân cần chủ động đăng ký thuế, cung cấp thông tin kê khai thuế để các sàn TMĐT có thông tin kê khai và nộp thuế thay.
2. Các rủi ro thường gặp phải khi kê khai thuế bán hàng online
Theo kinh nghiệm thực tế của các chuyên gia tại pixconsulting.vn, có đến hàng nghìn trường hợp bị xử phạt mỗi năm đều rơi vào một trong các lỗi sau:
2.1. Không kê khai hoặc kê khai thiếu doanh thu thực tế
Thực tế, có nhiều cá nhân bán hàng online chỉ kê khai doanh thu trên Shopee/Lazada/TikTok Shop, bỏ sót tiền bán hàng qua Facebook cá nhân, TikTok Live, Zalo OA, website riêng, Instagram hoặc nhóm kín – các nền tảng không tự động báo cáo cho cơ quan thuế.
Hậu quả:
- Cơ quan thuế ấn định doanh thu cao hơn thực kê khai.
- Truy thu thuế GTGT + TNCN + phạt 20% số thuế thiếu (Theo điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP) + tiền chậm nộp 0,03%/ngày (theo Khoản 4 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019), thậm chí truy cứu hình sự nếu trốn thuế ≥ 100 triệu đồng
- Nếu số thuế trốn ≥ 100 triệu đồng, có thể bị truy cứu hình sự (Theo Khoản 1 Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi 2017)
2.2. Đăng ký thuế và kê khai muộn
Nhiều trường hợp cá nhân kinh doanh online chỉ đăng ký thuế khi đã bán hàng vài tỷ đồng và nhận thông báo mời làm việc từ Chi cục Thuế, thay vì đăng ký ngay khi doanh thu dự kiến ≥ 100 triệu đồng/năm.
Hậu quả:
- Phạt chậm đăng ký từ 2-8 triệu đồng (Theo Điều 10 Nghị định 125/2020/NĐ-CP)
- Truy thu toàn bộ thuế các năm trước + tiền chậm nộp 0,03%/ngày. (Theo Khoản 4 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019)
- Nếu chậm khai thuế > 90 ngày và số thuế ≥ 100 triệu đồng, có thể bị xử lý hình sự (Khoản 1 Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi 2017)
2.3. Áp dụng sai tỷ lệ thuế theo ngành nghề
Một trong những lỗi thường gặp khi kê khai thuế kinh doanh online là người bán hàng tự chọn tỷ lệ thấp nhất (ví dụ: áp 1% cho mỹ phẩm hoặc thực phẩm chức năng thay vì 2% hoặc 5% theo quy định) mà không đúng với ngành nghề thực tế.
Hậu quả:
- Cơ quan thuế ấn định lại tỷ lệ đúng → truy thu chênh lệch.
- Phạt 20% số thuế thiếu + tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
- Nếu trốn thuế ≥ 100 triệu đồng, có thể bị xử lý hình sự.
2.4. Không ghi giảm trừ số thuế sàn TMĐT đã khấu trừ thay
Theo đó, sàn (Shopee, Lazada, TikTok Shop…) đã khấu trừ 1–2% và nộp thay, nhưng cá nhân không tải báo cáo khấu trừ và không ghi vào tờ khai (mẫu 01/CNKD), dẫn đến nộp trùng.
Hậu quả:
- Phạt khai sai nếu phát hiện (nếu không dẫn đến thiếu thuế).
- Mất quyền khấu trừ số thuế sàn đã nộp thay.
2.5. Không xuất hóa đơn điện tử khi khách doanh nghiệp yêu cầu
Một trong những lỗi phổ biến khi cá nhân kinh doanh online tự kê khai là chưa đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc không xuất khi khách công ty yêu cầu để khấu trừ thuế đầu vào.
Hậu quả:
- Phạt không xuất hóa đơn.
- Khách hàng không khấu trừ được thuế → mất hợp đồng.
- Tái phạm có thể bị phạt cao hơn.
2.6. Không lưu trữ chứng từ chi phí hợp lý, hợp lệ
Không lấy hóa đơn mua hàng, quảng cáo Facebook/Google, phí vận chuyển GHTK/GHN/J&T, tiền thuê kho… dẫn đến không chứng minh được chi phí khi quyết toán.
Hậu quả:
- Chi phí bị loại trừ → tăng số thuế phải nộp.
- Phạt khai sai nếu không chứng minh được.
- Nếu thiếu thuế ≥ 100 triệu đồng, có thể bị xử lý hình sự.
Để tránh các rủi ro trên, cá nhân kinh doanh nên tuân thủ đúng quy định và tham khảo ý kiến từ các chuyên gia thuế hoặc đến trực tiếp cơ quan thuế địa phương để được hỗ trợ.
3. Các cá nhân kinh doanh online cần làm gì để tránh rủi ro vi phạm khi kê khai thuế?
Dưới đây là một số lời khuyên hữu ích giúp bạn hạn chế tối đa các vi phạm trong quá trình kê khai thuế kinh doanh online:
- Đăng ký thuế theo đúng quy định
- Kê khai ngay khi phát sinh doanh thu.
- Tập trung nhận tiền về 1–2 tài khoản ngân hàng chính để dễ đối chiếu.
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ điện tử và hóa đơn mua hàng, phí quảng cáo, vận chuyển.
- Hàng quý đối chiếu doanh thu thực nhận với báo cáo của sàn TMĐT và ngân hàng.
- Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử (MISA meInvoice, Viettel Money, EasyInvoice…) để xuất hóa đơn nhanh khi khách cần.
- Nộp tờ khai và thuế đúng hạn, dù chỉ vài nghìn đồng cũng phải nộp để tránh phạt chậm.
4. Dịch vụ tư vấn kê khai thuế kinh doanh online uy tín từ Pix Consulting
Với nhiều năm kinh nghiệm hỗ trợ hàng nghìn hộ, cá nhân kinh doanh online trên toàn quốc, Pix Consulting mang đến giải pháp thuế trọn gói, giúp bạn tập trung bán hàng thay vì lo lắng về các quy định thuế:
- Đăng ký thuế ban đầu & tư vấn chọn phương pháp tính thuế tối ưu nhất.
- Lập và nộp tờ khai thuế hàng tháng/lần phát sinh đúng hạn 100%.
- Hỗ trợ, tư vấn khi có thông báo mời làm việc hoặc thanh tra.
Kinh doanh online mang lại nhiều cơ hội lớn về lợi nhuận, nhưng chỉ thực sự bền vững khi bạn tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ thuế theo quy định. Một sai sót nhỏ hôm nay có thể dẫn đến khoản phạt, truy thu và rủi ro pháp lý lớn chỉ sau vài tháng hoạt động. Đừng để những con số thuế làm gián đoạn sự phát triển bán hàng online của bạn, liên hệ ngay Pix Consulting để được đảm bảo tuân thủ đúng luật và tiết kiệm tối đa chi phí thuế một cách hợp pháp!
